オミクロン BA.2.86 は人工ウイルス？ 第一夜は初期の解析から
こんばんは。まだ暖房をつけていない私です。皆さまは寒いと体に悪いので暖かくしておやすみください
さてお詫びです。この記事はオタク的で、一般には役に立ちません
すみません。趣味で書かせてください
オミクロン BA.2.86 の最初の配列は、デンマークから８月１４日（月）に登録されたものです。８月１３日にイスラエル**からも報告がありました*
*ゲノム EPI_ISL_18096761、EPI_ISL_18097315、EPI_ISL_18097345
**イスラエルの検体についてですが、 これは患者です。彼女は、彼女より1週間ほど前に感染した2人と同居しており、接触歴がありました。3 人とも免疫不全の病歴はなく、慢性患者でもありません
BA.2.86の近縁の祖先系統は BA.2、BA.2.75、XBB.1.5 と考えられています
スパイク蛋白質ではありませんがBA.2.86 にはORF1aに特徴があります
BA.2.86 には南アフリカ以外のほぼ全てのBA.2に存在しているC9866T = ORF1a:L3201Fが欠けています
このことはBA.2.86が南アフリカ起源であることを示唆します
別の可能性としてBA.2-without-9866TにはC26681Tとの分岐があり、2022年初頭に南アフリカでBA.2-without-9866Tの5～10%に達しました。BA.2.86はその分岐の子孫である可能性があります。この場合は、オミクロンソースからのものではない可能性です
さらにBA.2.86 にはBA.1と共通する変異がいくつかあります
なかでもG8393A = ORF1a:A2710TはBA.1以外では非常にまれであり、組み換え*を示唆している可能性があります
*たとえばドイツでは、BA.1/Ba.2複合体組換え体であるXAKが出現しました
従ってBA.2.86 は初めに報告された時点ですでに国際的に拡散しており、遺伝子監視がほとんど行われていない国で流通していた可能性が高いのでは？その場所はおそらく南アフリカでは？、と考えられました
発見された時点でウイルス採取場所によって配列に違いがあった
この祖先に存在する可能性のある、実在すると考えられる多様性は次のものです
イスラエル/ミシガンのC2137T
デンマークのA6183G (ORF1a:K1973R)
デンマークのC12815T
イスラエル/ミシガンのA23582G (S:I670V)
イスラエル/ミシガンのC28165T (ORF8:T87I)
イスラエル/ミシガンのA29012G (N:G243S)
これらすべての配列には C21622T と G21624C(S:R21T) も含まれている
例：たとえば5番目に報告されたイングランド（EPI_ISL_18111770）にはイスラエルと米国の配列で見られるS:I670Vは存在せず、デンマークの配列で見られるA6183G、C12815Tの変異が存在し、さらに追加の T394C、C6525T があります
以上です
この記事は筑波大学 掛谷先生の論文を読みまして、書き始めました
続きます
新型コロナウイルスのオミクロン株BA.2.86系統は自然発生とは考えにくい
オミクロン株BA.2.86系統の出現は自然発生では説明しにくい
