AIエージェントによる医学英語論文執筆"vibe writing"（Codex/Claude Code/Antigravity対応）
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更新履歴
2025.10.13：初版公開
2026.02.06：モデル選択とCodexデスクトップアプリに関する追記（GPT-5.2推奨）
2026.02.08：Skillsベースの設計へ刷新（自動化の強化、修正履歴に基づく好み学習機能の追加）
2026.02.22：Claude Code、Antigravityでの利用手順を追記
2026.03.10：推奨モデルをGPT-5.4へ更新
2026.03.29：サブエージェントに対応、Skillチェーンの中断を解消
2026.05.09：Reviewer対応出力の改善、PDFからの参考文献取り込み、1文献の複数箇所引用に対応
2026.06.27：引用文献処理の最適化、軽微なバグ修正
2026.07.20：初学者向けに導入部を全面改稿
2026.9.20：統計解析から論文執筆へつなぐ機能を追加。GPT-6に対応。記事を整理
2026.10.12：主張が保守的で言いたいことが伝わりにくい点を改善
2026.11.01：引用文献のチェック機構を強化
AI環境の変化に合わせ、随時更新していきます。加筆に伴い、価格を改定する場合があります。過去のモデル名は、当時の更新記録です。
今回の更新：統計から始められるようになりました
これまでは、解析結果を用意してから論文を書き始める流れでした。今回の更新では、その前段階の研究計画や統計解析も相談できます。計算は手元のパソコンに登録したプログラムで行い、自分で確認・承認した結果やWord表・SVG図を、論文作成へ引き継ぎます。
すでに解析が済んでいる方は、これまでどおり共有してよい結果を用意して執筆へ進めます。これから解析する方の手順は、01.5の統計編にまとめました。
まえがき：本ワークフローが解決する課題と対象読者
ChatGPTをはじめとする大規模言語モデル（LLM）の登場により、学術論文の執筆効率は大きく向上しました。しかし、実際に原稿を仕上げる過程で、多くの研究者が次のような「手間の壁」に直面しています。
よくある5つの「手間の壁」
コピペの往復：Web版ChatGPTとWordの間を何度も行き来し、修正のたびに該当箇所を探してコピペを繰り返す。
文献管理ソフトとの連携：本文に埋め込んだ引用リンクが、文章を推敲・修正する過程で切れてしまう。
文献検索と引用の分断：関連研究を探してから、本文に正式な引用として組み込むまでに、別のツールへ情報を移す手間がある。
投稿誌に合う引用形式探し：指定のCSLファイルが見つからなかったり、細部が異なり、手動で微調整する必要がある。
査読対応・別誌再投稿の手戻り：査読コメントへの対応や、語数・タイトルページ・引用スタイルの再調整に時間がかかる。
そもそも「AIエージェント」とは何か？
通常のチャットで原稿をやり取りする使い方を「画面の向こうにいる相談相手」とすれば、ここで使うAIエージェントは「原稿フォルダを直接扱えるアシスタント」です。
「Introductionのこの段落を直して」と頼むと、該当するファイルを読み、修正を進めてくれます。ここで注目する違いは、チャットで返答を得るだけでなく、作業フォルダのファイルを直接扱えることです。モデルや設定を問わず性能が同じ、という意味ではありません。
本ガイドは、ローカルの原稿フォルダを使う作業を説明します。AI自体がPC内だけで動く、通信しない、という仕組みではありません。AIに読ませる資料は、共有してよいものに限ってください。
ワークフローの全体像（4つのステップ）
材料を渡す：共有してよい集計結果・図表・解析方法の情報、Abstract草案、投稿規定を用意します。解析前の方は、01.5の統計編で承認済み成果物を取り込んでから進みます。
設計図を作る：研究の要点、投稿先の条件、論文構成、根拠文献を整理します。AIが不足情報や引用候補を提示し、研究者が内容を確認します。
本文を育てる：Introduction → Methods → Results → Discussionの順に初稿を作り、研究内容や根拠を確認して、必要な修正を指示します。
校正してWordへ出力する：内容の確認と校正を終えてから、最上位で make qa-full PAPER=my_study を実行します。Wordができた後も、引用や図表、体裁の確認を行います。
査読が返ってきたら、コメントを整理し、対応方針、本文修正、返答文をつなげて進めます。別誌への再投稿では、新しい投稿規定との差を洗い出し、語数・書式・引用スタイルを調整します。
自然言語で意図を伝えて作業を進める感覚を、本記事では「vibe writing」と呼んでいます。ただし、研究判断まで丸投げするものではありません。設計図は判断のよりどころになりますが、作るだけでAIの誤りを防げるわけではありません。
安全に進めるための3つの基本
編集と相談を分ける：相談やレビューだけを頼んだ場合は、ファイルを変更せず提案を返します。「この段落を直して」と編集を頼んだ場合は、その範囲で修正を進めます。まず案だけ見たいときは「まだ変更せず、修正案を見せてください」と伝えます。依頼外の変更や破壊的操作などは別に確認します。
Gitでセーブポイントを作る：区切りのよいところで記録しておくと、修正前の状態を確認したり、記録した状態へ戻したりできます。未記録の変更、除外ファイル、機器故障や情報漏えいまで戻せる保証はありません。
実データを分ける：個票はAIで開くMyPaperProjectの外に置きます。AIは原稿だけでなく、設計・文献・設定なども編集します。フォルダを分けるだけでアクセス不能になるわけではなく、統計機能では01.5の共有承認経路を使います。
