書記のBio/Chem-Info日誌#19 STRINGによるタンパク質間相互作用（PPIs）の検索

単一のタンパク質からネットワークを作る

例として，ヒトのエストロゲン受容体（ESR1，UniP-ID: P03372）を扱ってみる。

検索するといくつか候補が出てくるので，目当てのものを選択する。

デフォルトのネットワークがこちらである。丸がタンパク質で，相互作用の関係が線で結ばれている。

下にはネットワークの情報が書かれている。

更に下には，エンリッチメント解析の概要が書かれている。中でもGOとKEGGはよく用いられる指標である。

Settingの欄では詳細の設定ができる。例えば，minimum required interaction scoreの値を変えてみる。

これにより，より信頼度の高い標的のネットワークが作成できる。

今あるネットワークの周辺を含めて見たい場合は，Moreを押すことで拡張ができる。

この状態で再度エンリッチメントを見てみる（false discovery rateの低い順にソート）。このような情報を収集することで，標的タンパク質の幅広い機能を推測することができる。

例えば，エストロゲンシグナルにはThyroid hormone signaling pathway（甲状腺ホルモンシグナル）が隣接していることが予想される。

項目をクリックすることで，どのタンパク質が関与しているかが表示される。

複数のタンパク質リストからネットワークを作る

STRINGでは，予め作成したタンパク質リストについてのネットワークも作成できる。

例として，以下の論文からネットワークを作成してみる。

Multiple proteinsの欄から，IDのリストを入力する。

結果がこちら。

エンリッチメント解析の結果。

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