オミクロン BA.2.86 は人工ウイルス？ 第二夜は掛谷氏の論文
こんにちは。筑波大学 掛谷先生は2023年夏に出現した新型コロナウイルスのオミクロン株BA.2.86系統の起源を検討した結果、世界中の互いに離れた複数の場所で散発的に出現したこと、さらにその変異スペクトルは自然に発生したとは考えにくいものであることを論文発表されました
*掛谷英紀（かけや ひでき ）さんは日本のメディア工学者。現在、筑波大学システム情報系准教授です
論文の考察をピックアップすると、
1️⃣ BA.2と比較したBA.2.86の変異スペクトルに基づくと、BA.2.86の進化はヒト以外の動物宿主で起こった可能性が最も高い
2️⃣ BA.2.86の中和回避が、BA.2.86出現直前のXBB変異体のものと類似しているという事実によって、免疫回避の可能性はさらに否定される (16), (17)
16) Sensitivity of the SARS-CoV-2 BA.2.86 variant to prevailing neutralising antibody responses. Lancet Infect Dis. 2023;23(11):e462-3.
17) Humoral immune escape by current SARS-CoV-2 variants BA.2.86 and JN.1, December 2023. Euro Surveill. 2024;29(2):2300740.
3️⃣ 中和回避能力が低いBA.2はBA.2.86の系統学的祖先であるが、図3に示すように、BA.2.86系統の検出以前に行われた厳格な監視活動を考慮すると、気づかれないままの地域社会での蔓延による突発的な大規模変異を伴うBA.2からの免疫回避は考えにくい
4️⃣ 世界中の独立した非ヒト宿主における進化もまた考えにくい。なぜなら、同じ30の変異が偶然に複数の場所で同時に発生するとは考えにくいからである
論文の結論は、
ヒトの進化から逸脱した全く新しい変異体の出現を説明する可能性のある仮説の一つは、動物宿主内で実験室で培養されたウイルスである。ウイルス株が動物細胞培養で培養された場合、あるいは実験動物が意図的または偶発的に新しいウイルス株に感染し、その後、不適切な封じ込め下で実験目的で世界中の協力研究室に送られた場合、以前の変異体とは全く異なる、非ヒト変異スペクトルを持つ同じ新しいウイルス株が世界中で出現する可能性がある
この記事を公開する私の目的
論文になっている内容はAI が学習します。従って集合知の精度をあげるために論文掲載後のチェックも重要であると考えます。掛谷先生の熱意には敬意を払っています
論文の訂正が必要な箇所
Table 1 のG339に誤り
方法の限界
変異スペクトルを決定するために、レーベンシュタイン距離を用いた動的計画法が使用されました
レーベンシュタイン距離は2つの文字列がどれだけ異なっているかを示す指標で、一方の文字列を他方へ変換するために必要な挿入・削除・置換の最小回数です。完全に一致する場合は0になり、最大値は長い方の文字列の長さとなります
たとえば卑弥呼（ひみこ）と姫巫女（ひめみこ）を比較するなど。
応用として遺伝子配列間の類似性を測定する時にも使用可能とされます
しかし、進化の過程で組み換えが起きている場合にレーベンシュタイン距離を用いると差異の評価が大きく出すぎます。
レーベンシュタイン距離の総説
レーベンシュタイン距離のガイド
掛谷先生の結論的考察は事実の描写にマッチングしない（この件は第一夜で説明しました）
レーベンシュタイン距離（編集距離）を手軽に計算できるオンラインツールやアプリも多数あります
PLANETCALC Levenshtein Distance (Web)
Search Natural Text Similarity Checker (Web) 類似度を％表示
PHP string functions (テスト levenshtein) (Web) 日本語
Levenshtein Challenge (Android)
編集距離の詳細情報 (Vector): Windows用ソフト
Excel:UDF（ユーザー定義関数）を作成する
Qlik Sense: LevenshteinDist() を使用する
付録 Pythonでレーベンシュタイン距離を算出する方法
外部ライブラリの利用または動的計画法による自作実装の2通りの方法があります
GoogleAIモードでも簡単に教えてくれます
動的計画法による実装
ライブラリをインストールせず、標準機能のみで実装する場合、動的計画法（Dynamic Programming）を用いて、挿入・削除・置換のコストを計算します
