酵母の世界 No.32-1｜Vanderwaltozyma japonica：保管から20年後に新種となった酵母

このシリーズでは、パン・ビール・ワイン・発酵食品を支える酵母たちを、研究者の視点から少しずつ紹介しています。
★酵母の世界を巡るためのまとめページを作成してます↓

前回は、沖縄の土壌から見つかった Lipomyces okinawensis（リポマイセス・オキナワエンシス） を紹介しました。

今回は、同じ日本の亜熱帯地域から見つかった酵母 Vanderwaltozyma japonica（ヴァンダーワルトザイマ・ジャポニカ） です！

この酵母が報告されたのは、2024年。
ところが、この酵母の一部は、20年以上前から微生物コレクションに保存されていました！

日本の亜熱帯地域から集められた酵母

V. japonica としてまとめられたのは、日本の亜熱帯地域から分離された7株です。

まず、分離された場所を見てみると、少し面白い傾向が見えてきます。

ある株は、石垣島の樹木の枝分かれした部分にたまった土から分離されました。
別の株は、西表島の浦内川周辺に生えるオヒルギというマングローブ植物の腐った果実から見つかっています。

つまり、同じ種と判断された酵母が、土や腐敗した果実など、少し異なる環境から見つかっており、予想以上に様々な環境に生息することが分かりました。

また、石垣島由来の株は、2002年にはすでに微生物コレクションへ受け入れられていました。

しかし、新種として名前が付いたのは2024年です。

酵母そのものは以前から存在していたのに、その正体が分かったのは20年以上あとだったのです！

保存されていた酵母をもう一度調べる

では、なぜ後になって新種だと分かったのでしょうか？

酵母の種類を見分けるとき、見た目だけでは十分に判断できません。
似たような形をした酵母でも、DNAを比べると別の系統に分かれることがあります。

2024年の研究では、保存されていた7株について、酵母の分類によく使われる複数のDNA領域を比較しました。

すると、7株の主要なDNA配列はほぼ同じでした。
一方で、すでに知られていた近縁種とは明確な違いがありました。
系統解析でも、この7株はまとまった独立したグループを形成しています。

さらに、利用できる栄養など細胞の性質も比較されました。

その結果、既知の Vanderwaltozyma 属の酵母とは異なる特徴も確認され、DNAと生理的な性質の両方から、新しい種 Vanderwaltozyma japonica として提案されました！

つまり、新種を見つけるということは、必ずしも新しい土地へ行って微生物を採取することだけではなく、すでに集められた株を、新しい知識や分析方法でもう一度見直すことで、これまで見えていなかった違いが見つかることもあるのです。

微生物を保存する意味

ここで重要になるのが、微生物コレクションです！

自然界から分離した微生物を保存し、研究者があとから利用できるようにしている施設があります。
日本では、NITEのNBRCなどがその役割を担っています。

V. japonica の例では、2000年代初頭には保存されていた株が、20年以上後の研究によって新種として整理されました。

採取した時点では、その微生物にどんな価値があるのか分からないこともあります。

しかし、分類法が進歩したり、DNA解析が身近になったり、新しい研究テーマが生まれたりすると、昔集めた一株が、新しい発見の材料になることがあります。

微生物を保存することは、単に菌株を冷凍庫に残しておくことではありません。

自然界から一度取り出した微生物の多様性を、未来の研究でもう一度調べられる形で残しておくことでもあるのです。

おわりに

Vanderwaltozyma japonica（ヴァンダーワルトザイマ・ジャポニカ） は、日本の亜熱帯地域から集められた酵母です。

その一部は20年以上前から保存されていましたが、DNAや生理的な特徴をあらためて比較することで、2024年に新しい種として整理されました。

新しい酵母を探す場所は、自然界だけとは限りません。

すでに採取され、保存されている微生物の中にも、まだ名前の付いていない多様性が残っています。

次回は、日本の亜熱帯地域から一気に北へ向かいます！

舞台は北海道・利尻島。
そこで見つかったのが、Barnettozyma sucrosica（バルネトザイマ・スクロシカ）です。

次回は、利尻島の土壌から見つかった一種を通して、酵母の意外に多様な生活環を見ていきます！

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参考文献

Shibayama K, et al. Vanderwaltozyma japonica sp. nov.: a novel yeast isolated from subtropical regions in Japan. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2024;74(11):006582.

Kurtzman CP. Phylogenetic circumscription of Saccharomyces, Kluyveromyces and other members of the Saccharomycetaceae, and the proposal of the new genera Lachancea, Nakaseomyces, Naumovia, Vanderwaltozyma and Zygotorulaspora. FEMS Yeast Research. 2003;4:233–245.

Lee CF, et al. Vanderwaltozyma verrucispora sp. nov., a new ascomycetous yeast species. FEMS Yeast Research. 2009;9:153–157. 

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